Во втором фильме добавляются два новых персонажа — Сикинами Аска Лэнгли, созданная на основе Аски Лэнгли Сорью из оригинального сериала, и новая героиня, Мари Илластриэс Макинами, отсутствовавшая в оригинальном произведении и ставшая пилотом Евы-05, которую она и уничтожила, забрав и ангела. Также, значительно большее чем в сериале время отводится развитию отношений между Рей и Синдзи. При этом сюжет сильно отклоняется от оригинального произведения. Так, пилотом Евы-03, захваченной Ангелом, становится не Тодзи, а Аска, причем Ева-01 зубами сжимает капсулу вместе с Аской. Зеруил не просто выводит Еву-00 из строя, но пожирает её вместе с Рей, и попытка Синдзи спасти Рей хотя и заканчивается успешно, но инициирует конец света, Третий Удар, который останавливает Ева-06, пилотируемая Каору Нагисой. Также, по сравнению с оригинальным произведением претерпевают изменения и характеры персонажей, и, в первую очередь, характер Аски.