Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма развиваются сразу после окончания строительства космического подъемника “Эндимион” Академия-Сити. Главный герой Камидзё Тома и его подруга Индекс абсолютно случайно сталкиваются с Арисой Мейго, эспером нулевого уровня.

По непонятным причинам Ассоциация Магов преследует Арису и нападает на Академия-Сити. Чтобы защитить город от надвигающейся угрозы, образуется движение сопротивления, возглавляет которое Шатора Сэкуэнзия.

Главные герои позднее узнают от Стэйла Магнуса, что их новую знакомую, Ариса, могут использовать как средство для разжигания войны между миром Магии и миром Науки.